Die Phylogenie erforscht die Entwicklung und Verwandtschaftsverhältnisse einzelner Organismengruppen. Sie versucht, gemeinsame Vorfahren zu identifizieren um daraus den Stammbaum einer Gruppe von Organismen zu entwerfen. Die Forschung basiert heute auf molekularbiologischen Methoden (DNA-Analysen).

Die Taxonomie gliedert die verschiedenen Arten hierarchisch. Die Hierarchie der höheren Taxa ist aus deren Bezeichnung ersichtlich. Dabei sollen nach den Grundsätzen der Kladistik auf jeder Hierarchiestufe nur die verwandten Arten vollständig in einer Gruppe zusammengefasst werden. Arten einer oder Gruppen, die phylogenetisch in diese Hierarchie nicht eingeordet werden können, werden in allen Hierarchieebenen als „insertae sedis“ geführt.

• Abteilung (Stamm, Phylum) (… mycota)
• Unterabteilung (…mycotina)
• Klasse (…mycetes)
• Unterklasse (…mycetidae)
• Ordnung (…ales)
• Unterordnung (…ineae)
• Familie (… ceae)
• Unterfamilie (deae)
• Gattung
• Art

Als Reich der Pilze (Regnum Fungi) werden die Ascomycota und die Basidiomycota, zu denen alle Speisepilze gehören, im Unterreich Dikarya als „echte Pilze“ zusammengefasst.

Die strenge hierarchische Einteilung wird in letzter Zeit kritisch diskutiert, weil sich zunehmend zeigt, daß die Verwandtschaftsverhältnisse sehr viel differenzierter sind, als bisher angenommen. Die Einordnung in ein verhältnismäßig starres System kann die Verwandschaftsverhältnisse nur ungenau abbilden.

• Blackwell et al. (2006): Research Coordination Networks: a phylogeny for kingdom Fungi (Deep Hypha)
• James et al (2006): Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny
• Hibbett et al. (2007): A higher-level phylogenetic classification of the Fungi
• Ebersberger et al. (2012): A Consistent Phylogenetic Backbone for the Fungi
• Tedersoo et al. (2018): High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses

Einen guten Überblick über die Phylogenie des Pilzreichs bietet

• die Seite von Bryce Kendrick "The fifth Kingdom"
• das "tree of life project" und
• die englischsprachige Seite vonWIKIPEDIA (unter „Taxonomy“ die weiterführenden Links anklicken)

Die Ascomycota bilden ihre Sporen innerhalb besonderer Zellen (Asci oder Schläuche) aus (siehe auch unten unter „ Pilze in Cartoons“).Übersicht über die Hauptgruppen der Ascomycota

• Beimforde et al. (2014): Estimating the Phanerozoic history of the Ascomycota lineages: Combining fossil and molecular data
• Réblová, Seifert, Fournier & Štěpánek (2015): Newly recognised lineages of perithecial ascomycetes: the new orders Conioscyphales and Pleurotheciales

• Hansen & Pfister (2006): Systematics of the Pezizomycetes—the operculate discomycetes
• Kumar et al. (2012): Orbilia ultrastructure, character evolution and phylogeny of Pezizomycotina
• Spatafora et al. (2006): A five-gene phylogeny of Pezizomycotina

• Voglmeyr et al. (2019): Two new classes of Ascomycota: Xylobotryomycetes and Candelariomycetes

• Ruibal et al. (2009): Phylogeny of rock-inhabiting fungi related to Dothideomycetesconi

• Manamgoda et al. (2014): The genus Bipolaris

• Phookamsak et al: (2016): Schizothyriaceae

• Schoch et al. (2009): Geoglossomycetes cl. nov., Geoglossales ord. nov. and taxa above class rank in the Ascomycota Tree of Life

• Wang, Binder, Schoch, Johnston, Spatafora & Hibbett (2006): Evolution of helotialean fungi (Leotiomycetes, Pezizomycotina): A nuclear rDNA phylogeny
• Ekanayaka et al. (2019): Preliminary classification of Leotiomycetes

• Baral et al.: A new attempt to classify the families of the Helotiales

• Hansen et al. (2005): Evolutionary relationships of the cup-fungus genus Peziza and Pezizaceae inferred from multiple nuclear genes: RPB2, ß-tubulin, and LSU rDNA. Molecular Phylogenetics and Evolution
• Perry et al. (2007): A phylogenetic overview of the family Pyronemataceae (Ascomycota, Pezizales)

• Schlüssel von C. Hahn im Pilzforum Pilze-Bayern für die Gattung Gyromitra

• Hansen (2019): Pindara revisited – evolution and generic limits in Helvellaceae
• Landeros et al. 2015): Advances in the phylogeny of Helvella (Fungi: Ascomycota), inferred from nuclear ribosomal LSU sequences and morphological data
• Landeros & Guzmán-Dávalos (2013): Revision of the genus Helvella (Ascomycota: Fungi) in Mexico
• Landeros et al. (2012): Type studies in Helvella (Pezizales)
• Treibs (2001): Trial Key to HELVELLACEAE in the Pacific Northwest
• Abbot & Kurrah (1997): The Helvellaceae: Systematic Revision and Occurrence in northern and northwestern Nort America
• Dissing (1966): The Genus Helvella in Europe

Überblick über die Morchelarten in Europa

• Richard, Bellanger, Clowez, Hansen, O’Donnell, Urban, Sauve, Courtecuisse & Moreau (2015): True morels (Morchella, Pezizales) of Europe and North America: evolutionary relationships inferred from multi-locus data and a unified taxonomy,
• Kuo, Dewsbury, O’Donnell, Carter, Rehner, Moore, Moncalvo, Canfield, Stephen-son, Methven & Volk (2012): Taxonomic revision of true morels (Morchella) in Canada and the United States

• Olariala et al. (2015), A monograph of Otidea (Pyronemataceae, Pezizomycetes)

• Hansen et al. (2002): Phylogenetic diversity in the core group of Peziza inferred from ITS sequences and morphology
• Hohmeyer (1986), Ein Schlüssel zu den europäischen Arten der Gattung Peziza L.

• Baral (2004) The European and North-American species of Sarcoscypha

• Zhang et al. (2009): Multi-locus phylogeny of Pleosporales: a taxonomic, ecological and evolutionary re-evaluation

Der nachstehende Artikel gibt einen umfassenden Überblick über die phylogenetischen Zusammenhänge diverser Pilgruppen (u.a. Diaporthales, Hypocreales, Xylariales usw.)

• Maharachchikumbura et al. (2015): Towards a natural classification and backbone tree for Sordariomycetes

• Lombard et al. (2015): Generic concepts in Nectriaceae

• Stadler et al. (2014): A polyphasic taxonomy of Daldinia (Xylariaceae)

• Voglmeyr et al. (2019): Two new classes of Ascomycota: Xylobotryomycetes and Candelariomycetes

Die Basidiomycota (Ständerpilze) bilden ihre Sporen an besonderen Zellen (Basidien, Ständer) aus (siehe auch unten unter „Pilze in Cartoons“)Übersicht über die Hauptgruppen der Basidiomycota

• Maier et al. (2003):Phylogeny of the rust fungi: an approach using nuclear large subunit ribosomal DNA sequences1

• Wang et al. (2015): Multigene phylogeny and taxonomic revision of yeasts and related fungi in the Ustilaginomycotina

• Moncalvo et al. (2000): Phylogenetic Relationships of Agaric Fungi Based on Nuclear Large Subunit Ribosomal DNA Sequences
• Moncalvo et al. (2002): One hundred and seventeen clades of euagarics
• Matheny et al. (2006): Major clades of Agaricales: a multilocus phylogenetic overview

• Schlüssel für die Gattung Cortinarius Untergattung Dermocybe in den nordischen Ländern von Klaus Høiland, Universität Oslo (in englisch)

Überblick über die Phylogenie der gymnopoiden und marasmioiden Pilze

• Petersen & Hughes (2017) An investigation on Mycetinis (Euagarics, Basidiomycota)

Überblick über die Phylogenie der Hygrophoraceae

• Justo et al. (2011): Phylogeny of the Pluteaceae (Agaricales, Basidiomycota): taxonomy and character evolution

• Padamsee et al. (2008): The mushroom family Psathyrellaceae: Evidence for large-scale polyphyly of the genus Psathyrella
• Nagy et al. (2008): Phylogeny and character evolution of the coprinoid mushroom genus Parasola as inferred from LSU and ITS nrDNA sequence data
• Larsson & Örstadius (2008): Fourteen coprophilous species of Psathyrella identified in the Nordic countries using morphology and nuclear rDNA sequence data

Überblick über die Phylogenie der Tricholomataceae s. str.

• Heilmann-Clausen et al. (2016): Taxonomy of Tricholoma in northern Europe based on ITS sequence data and morphological characters

• Binder et al. (2010): Amylocorticiales ord. nov. and Jaapiales ord. nov.: Early diverging clades of Agaricomycetidae dominated by corticioid forms

• Binder & Hibbett (2006): Molecular systematics and biological diversification of Boletales
• Nuhn, Binder, Taylor, Halling & Hibbett (2013): Phylogenetic overview of the Boletineae
• Pegler & Young (1981): A natural arrangement of the Boletales, with reference to spore morphology
• Die Boletales aus Global Biodiversity Information Facility (GBIF)

Überblick über die Boletales (Unterordnungen, Familien, incertae sedis) nach Binder & Hibbett (2006)

Die Boletaceae gliedern sich nach Wu et al. in sieben Unterfamilien mit 59 Gruppen auf Gattungsebene zuzüglich der Gattungen, die in diese Untersuchung nicht einbezogen waren, wie

• die von Murrill bereits 1909 in der Mycologia 1(1):16 beschriebene Gattung Suillellus (Boletus luridus)(mehr) , die von Singer 1952 aufgestellte Gattung Phylloboletellus (mehr), die von Pacioni & Sharp 2000 in Mycotaxon 75:225–228 aufgestellte und inzwischen den Boletaceae (vgl. Smith et al. 2015) zugeordnete Gattung Mackintoshia, die von Desjardin et al. 2008 aufgestellte Gattung Durianella, und die von Orihara et al. 2010 aufgestellte Gattung Heliogaster. Die Stellung der Gattung Phyllobolites (mehr) ist unklar. Die von Horak 1971 beschriebene Gattung Notholepiota gehört nach Nuhn et al. (Phylogenetic overview of the Boletineae, Fungal Biology, Volume 117, Issues 7–8: 479-511; 2013) in die Unterfamilie der Boletoideae (evtl. ein Synonym zu Xanthoconium)

oder nach dieser Veröffentlichung beschrieben worden sind:

• Afrocastellanoa, Alessioporus (Xerocomus ichnusanus) und Pulchroboletus (Xerocomus roseoalbidus), Baorangia, Lanmaoa, Parvixerocomus, und Rugiboletus, Binderoboletus, Guyanaporus und Singerocomus Butyriboletus (Boletus appendiculatus), Cacaoporus, Caloboletus (Boletus calopus), Carolinigaster, Chiua, Hymenoboletus, Tengioboletus und Tylocinum,Crocinoboletus (Boletus rufoaureus), Cupreoboletus,Cyanoboletus (Boletus pulverulentus), Erythrophylloporus, Exsudoporus (Boletus permagnificus), Hortiboletus (Xerocomellus rubellus) und Rheubarbariboletus (Xerocomellus armeniacus, X. persicolor), Hourangia (Xerocomus cheoi/punctilifer, Phylloporus pumilus), Imleria (Boletus badius), Ionosporus, Indoporus, Imperator (Boletus torosus) (mehr), Jimtrappea, Castellanea und Costatisporus, Kombocles, Longistriata Neoboletus (Boletus luridiformis), Nigroboletus, Phylloporopsis, Pseudoaustroboletus (Tylopilus valens), Rubroboletus (Boletus sinicus, B. satanas), Spongispora, Turmalinea.

Gattungsbeschreibungen von Halling (in englisch) von 2019

Aktualisierte Übersichten

• Die Unterfamilien der Boletaceae
• Die Xerocomoideae und die Leccinoideae, siehe dazu Leccinoid clade nach Wu et al., 2018
• Die Boletoideae und Austroboletoideae
• Die "Pulveroboletus-Group"
• Die Zangoideae, Pseudoboletus und die Chalciporoideae
• Die Zangioideae nach Halling et al.

Die Paxillaceae

Die Sclerodermatineae

Die Suillineae

Die Hygrophoropsidaceae, Tapinellineae und Coniophorineae

Die Serpulaceae

• Larsson (2007): Re-thinking the classification of corticioid fungi
• Lawrey et al. (2008): Remarkable nutritional diversity of basidiomycetes in the Corticiales, including a new foliicolous species of Marchandiomyces (Anamorphic Basidiomycota, Corticiaceae) from Australia

• Wang et al. (2015): Molecular phylogenetics of the Gloeophyllales and relative ages of clades of Agaromycotina producing a brown rot

Larsson et al. (2006): Hymenochaetales: a molecular phylogeny for the hymenochaetoid clade

• Binder et al. (2010): Amylocorticiales ord. nov. and Jaapiales ord. nov.: Early diverging clades of Agaricomycetidae dominated by corticioid forms

Mit dem nachstehenden Artikel wurden wegen ihrer genetischen Verwandtschaft unter anderem verschiedene Korallenpilze, Stinkmorcheln und Erdsterne in einer Unterklasse zusammengefasst.

• Hosaka et al, (2006): Molecular phylogenetics of the gomphoid-phalloid fungi with an establishment of the new subclass Phallomycetidae and two new orders

Überblick über die Polyporales nach Zmitrovich (2018)

• Justo et al. (2017): A revised family-level classification of the Polyporales (Basidiomycota)
• Binder et al. (2013): Phylogenetic and phylogenomic overview of the Polyporales
• James et al. (2013): Polyporales genomes reveal the genetic architecture underlying tetrapolar and bipolar mating systems
• Miettinen et al. (2011):Comprehensive taxon sampling reveals unaccounted diversity and morphological plasticity in a group of dimitic polypores (Polyporales, Basidiomycota) - Abstract -
• Sjökvist et al. (2009):A multi-locus phylogeny of the Polyporales

• Ortiz-Santana, Lindner, Miettinen, Justo & Hibbett (2013): A phylogenetic overview of the antrodia clade (Basidiomycota, Polyporales)
• Spirin, Vlasa, Niemela & Miettinen (2013): What is Antrodia sensu stricto? (mit Schlüssel für Antrodia s.str.)

• Zmitrovich & Malysheva (2013) Towards a Phylogeny of Trametes Alliance (Basisiomycota, Polygonales) - Einordnung und Abgrenzung der Gattung Trametes

Überblick über die Russulales (Familien)

• Larsson & Larsson (2003): Phylogenetic Relationships of Russuloid Basidiomycetes with Emphasis on Aphyllophoralean Taxa
• Miller et al. (2006): Perspectives in the new Russulales
• Buyck et al (2007): Walking the thin line between Russula and Lactarius: the dilemma of Russula subsect. Ochricompactae
• Vidal et al. 2019: A phylogenetic and taxonomic revision of sequestrate Russulaceae in Mediterranean and temperate Europe

• Sjoekvist et al. (2014) - Stereopsidales - A New Order of Mushroom-Forming Fungi

Neben den „echten Pilzen“ gibt es diverse andere pilzähnliche Gruppen von Organismen, die traditionell der Pilzkunde zugeordnet werden (siehe auch oben: Blackwell et al., Ebersberger et al. und Tedersoo et al.)

• Spatafora et al. (2016): A phylum-level phylogenetic classification of zygomycete fungi based on genome-scale data

• Schüßler et al. (2001): A new fungal phylum, the Glomeromycota: phylogeny and evolution

• Redecker & Raab (2006): Phylogeny of the Glomeromycota (arbuscular mycorrhizal fungi): recent developments and new gene markers

• Beakes et al. (2010): The evolutionary phylogeny of the oomycete “fungi”

• KOECK, J., BÜRGER, S., LUDWIG, E., OßKE, F. (1997/2002): Pilze im Britzer Garten Berlin
• RÖDIG, T. (2012): Die europäischen Arten der Gattungen Xerocomus s. str. und Xerocomellus nach dem Gattungskonzept von SUTARA 2008 sowie Abgrenzung zu verwandten europäischen Gattungen und Arten
• RÖDIG, T. (2014): Leucocoprinus cepistipes - ein Tropenpilz im Deutschen Wald
• RÖDIG, T. (2019): Schlüssel für die europäischen Croogomphus-Arten nach Scrambler et al.

• Sammlung von Online Bestimmungsschlüsseln in Pilzforum.eu

• KRUEGER, G. (2012): Tylopilus spec.?

• Präsentation des IPB-Institut für Pflanzenbiochemie Halle (Saale)zum Thema Mykorrhiza
• Vortrag von Daniel Winkler über Pilze in Tibet (engl., ca. 1 Stunde)
• Die wunderbare Welt der Pilze - Ein Film von Karlheinz Baumann und Volker Arzt, ca. 45 Min.

• Was ist ein Pilz?
• Wie sieht ein Pilz aus?
• Wie ernährt sich ein Pilz?
• Wie vermehrt sich ein Pilz?
• wie pflanzt sich ein Pilz fort?
• Wie bildet ein Pilz seine Sporen?

Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft: Leitsätze für Pilze und Pilzerzeugnisse