Die Phylogenie erforscht die Entwicklung und Verwandtschaftsverhältnisse einzelner Organismengruppen. Sie versucht, gemeinsame Vorfahren zu identifizieren um daraus den Stammbaum einer Gruppe von Organismen zu entwerfen. Die Forschung basiert heute auf molekularbiologischen Methoden (DNA-Analysen).
Die Taxonomie gliedert die verschiedenen Arten hierarchisch. Die Hierarchie der höheren Taxa ist aus deren Bezeichnung ersichtlich. Dabei sollen nach den Grundsätzen der Kladistik auf jeder Hierarchiestufe nur die verwandten Arten vollständig in einer Gruppe zusammengefasst werden. Arten einer oder Gruppen, die phylogenetisch in diese Hierarchie nicht eingeordet werden können, werden in allen Hierarchieebenen als „insertae sedis“ geführt.
Als Reich der Pilze (Regnum Fungi) werden die Ascomycota und die Basidiomycota, zu denen alle Speisepilze gehören, im Unterreich Dikarya als „echte Pilze“ zusammengefasst.
Die strenge hierarchische Einteilung wird in letzter Zeit kritisch diskutiert, weil sich zunehmend zeigt, daß die Verwandtschaftsverhältnisse sehr viel differenzierter sind, als bisher angenommen. Die Einordnung in ein verhältnismäßig starres System kann die Verwandschaftsverhältnisse nur ungenau abbilden.
Einen guten Überblick über die Phylogenie des Pilzreichs bietet
Die Ascomycota bilden ihre Sporen innerhalb besonderer Zellen (Asci oder Schläuche) aus (siehe auch unten unter „ Pilze in Cartoons“).Übersicht über die Hauptgruppen der Ascomycota
Der nachstehende Artikel gibt einen umfassenden Überblick über die phylogenetischen Zusammenhänge diverser Pilgruppen (u.a. Diaporthales, Hypocreales, Xylariales usw.)
Die Basidiomycota (Ständerpilze) bilden ihre Sporen an besonderen Zellen (Basidien, Ständer) aus (siehe auch unten unter „Pilze in Cartoons“)Übersicht über die Hauptgruppen der Basidiomycota
Überblick über die Boletales (Unterordnungen, Familien, incertae sedis) nach Binder & Hibbett (2006)
Die Boletaceae gliedern sich nach Wu et al. in sieben Unterfamilien mit 59 Gruppen auf Gattungsebene zuzüglich der Gattungen, die in diese Untersuchung nicht einbezogen waren, wie
oder nach dieser Veröffentlichung beschrieben worden sind:
Gattungsbeschreibungen von Halling (in englisch) von 2022
Aktualisierte Übersichten
Mit dem nachstehenden Artikel wurden wegen ihrer genetischen Verwandtschaft unter anderem verschiedene Korallenpilze, Stinkmorcheln und Erdsterne in einer Unterklasse zusammengefasst.
Neben den „echten Pilzen“ gibt es diverse andere pilzähnliche Gruppen von Organismen, die traditionell der Pilzkunde zugeordnet werden (siehe auch oben: Blackwell et al., Ebersberger et al. und Tedersoo et al.)
Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft: Leitsätze für Pilze und Pilzerzeugnisse